Пишите свои плагины
Вы можете использовать плагины, чтобы FishEye делал то, что вы хотите. Либо написать свой собственный с нуля, чтобы, например, расширить один из отчетов или скачайте готовый на Atlassian Plugin Exchange.
Типы плагинов:
- Плагины отчетов - позволяют добавить свой собственный отчет во вкладку отчетов FishEye.
- Плагины событий - позволяют выполнять код по наступлению события.
- Web инструменты- в FishEye есть много мест где Вы можете добавить свой функционал (например, вкладки, меню, панели инстурментов)
Для получения информации о разработке плагинов, документации, инструкций и примеров кодов посетите FishEye Development Hub.
Заметьте, что Crucible и FishEye могут бы ть запущены вместе на одном экземпляре, Вы можете написать один плагин, который будет расширять возможности обеих систем FishEye и Crucible. Почему бы не попробовать Crucible, когда Вы тестируете FishEye. 
Внедряйте исходный код в бизнес-процесс
FishEye дает доступ к информации из вашего SCM прямо через REST интерфейс. Есть много инструментов, которые делают это, но лучше работать с FishEye, так как FishEye плагин для JIRA использует публичный API FishEye.